Ngày 29 tháng 5 năm 1883, Giáo hoàng Lêô XIII ký Tông sắc tách rời các tỉnh Bắc Ninh, Thái Nguyên, Lạng Sơn và Cao Bằng khỏi Giáo phận Đông Đàng Ngoài để thành lập một giáo phận mới là Giáo phận Bắc Đàng Ngoài. Đại diện Tông tòa Giáo phận Đông Đàng Ngoài, giám mục Antonio Colomer Lễ, được bổ nhiệm làm Đại diện Tông tòa của tân giáo phận. Bấy giờ, giáo phận mới có 17 linh mục triều người Việt, 2 linh mục dòng Đa Minh, 3 thừa sai người Tây Ban Nha, 15 đại chủng sinh, 22 tiểu chủng sinh, 50 thầy giảng, 8 nữ tu dòng Mến Thánh Giá và 35.000 tín hữu trong 11 giáo xứ và 28 giáo họ. Đến năm 1924, Giáo phận Bắc Đàng Ngoài được đổi tên thành Giáo phận Bắc Ninh.

Năm 1913, Hạt Phủ doãn Lạng Sơn được thành lập, tách rời từ Giáo phận Bắc Ninh, và được ủy thác cho các thừa sai dòng Đa Minh Lyon đảm trách, đến năm 1939 thì chính thức được Tòa Thánh nâng lên hàng giáo phận.